方正是国家首批六家技术创新试点企业之一，拥有一个国家级企业技术中心———方正技术研究院，拥有电子出版新技术国家工程中心，以及20余家分散于各公司的企业研发中心———印艺研发中心、数字媒体研究所、数字内容研究所、通信技术研究所、信息技术研究所、信息安全技术研究所、化学制药研究中心、生物制药研究中心等，致力于新产品、新技术和新工艺的研究与推广。目前，方正研发体系采用以集团董事会下设的技术创新工作委员会为首的多级决策和管理模型。

　　主要研发方向包括：中日文信息处理技术、网络多媒体技术、 网络电视技术、数字版权管理技术内容管理＼数字资产管理技术、知识管理技术、空间信息技术、信息安全技术、地理信息系统技术、金融数学与信息系统技术、无线宽带技术、稀土、新材料技术等。

　　多年来，方正在中日文出版、网络出版、电子政务、网络安全、印艺领域、数字媒体、IT解决方案、金融数学与信息系统、地理信息、PC和显示器技术、药物和制剂技术等领域的研发一直处于国内外先进水平，绝大部分已形成了具有竞争实力的规模产业。

　　曾获国家科学技术最高奖、信息产业部重大技术发明奖、国家专利金奖、国家火炬计划重点软件企业、国家技术创新一等奖、国家技术成就一等奖等多项大奖。